Прибывшие из немецких государств переселенцы, откликнувшиеся на манифесты 1762—1763 годов императрицы Екатерины II, приглашавшей жителей европейских стран переселиться в Россию, основали 20 июля 1767 года (по другим данным — в 1764—1766 годах) в заволжской части Саратовского уезда Астраханской губернии, на реке Берёзовке колонию Красный Яр.
В 1835 году в Саратовской губернии был образован Новоузенский уезд, частью которого стал немецкий Красноярский округ с центром в колонии Красный Яр. В 1851 году Новоузенский уезд был передан в новообразованную Самарскую губернию, и в 1871 году немецкий Красноярский округ преобразован в Красноярскую волость.
В селе имелась лютеранская церковь, земская и церковно-приходская школы, библиотека, земский приемный покой, глазная лечебница, почтовое отделение, а также промышленные предприятия: кирпичный завод, паровая, водяная и 10 ветряных мукомольных мельниц.
При создании в 1918 году автономной области немцев Поволжья Красноярская волость была включена в состав её Баронского уезда (c июня 1919 года — Марксштадский уезд). Согласно декрету ВЦИК от 17 февраля 1921 года из Марксштадского уезда был выделен Нижне-Караманский район с центром в селе Красный Яр. Декретом ВЦИК РСФСР от 22 июня 1922 года «Об изменениях в составе Трудовой коммуны немцев Поволжья» Нижне-Караманский район был переименован в Красноярский кантон (19 декабря 1923 года автономная область была преобразована в АССР немцев Поволжья).
При расформировании в 1927 году Красноярского кантона село Красный Яр было включено в состав Марксштадского кантона, с января 1935 года Красный Яр стал центром воссозданного Красноярского кантона и его одноимённого сельсовета.
После ликвидации АССР немцев Поволжья с сентября 1941 года по 1956 год село являлось центром Красноярского района Саратовской области.
